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中国科学报讯（记者 李晨）近日，华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室教授张建伟课题组联合国内外高校与科研机构在《自然-通讯》与《分子植物》发表两篇研究论文。这两项工作以代表亚洲稻群体结构的高质量基因组为研究对象，构建并全面分析了基因组倒位图谱，建成了首个水稻基因索引数据库，为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。
《自然-通讯》论文详细报道了利用覆盖群体结构的73份亚洲稻（AA基因组）和2份野生稻（O.rufipogon和O.punctata）组成的高质量泛基因组，构建了泛基因组水平的稻属大片段基因组倒位结构变异图谱。该图谱含1769个非冗余倒位片段，覆盖水稻品种日本晴29%的基因组序列。
《分子植物》论文则介绍了首个基于同源基因簇的泛基因组数据库——水稻基因索引数据库。该数据库为用户提供了丰富的模块和工具，方便研究人员对不同种质基因及基因同源关系进行查询、分析和可视化，为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。
该数据库为每个水稻基因建立一张“综合图文信息卡片”，可实现不同功能和常用数据库之间的快速链接，记录包括性别、基因通用名、序列、功能、表达等基本信息，并以可交互示意图展示该基因转录本结构、可变剪接事件、同源关系网络图和系统发育树等。此外，研究人员可以通过关键词、序列、同源关系等三种方式在数据库中进行搜索，并在微观和宏观尺度对种质间基因组共线性进行分析和可视化。
相关论文信息：
https://doi.org/10.1038/s41467-023-37004-y
https://doi.org/10.1016/j.molp.2023.03.012
《中国科学报》 (2023-04-13 第1版 要闻)
原文链接：https://news.sciencenet.cn/sbhtmlnews/2023/4/374047.shtm
